Автомобильная служба ведет свою историю с 1941 года. В различное время службу возглавляли: Сиразетдинов В.А., Султанбеков И.Н., Прокопенко А.Г. Родин В.П.. Воробьев Н.А.

Автомобильная служба обеспечивает жизнедеятельность института: подвоз продовольствия, вещевого имущества, горюче-смазочных материалов, перевозку грузов и личного состава.